按照学校深入学习实践科学发展观的要求和安排，根据学校和学生处的学习实践活动实施方案，南洋书院迅速起草并且讨论形成了南洋书院深入学习实践科学发展观活动的工作要点，积极探索适合书院科学发展的学习实践方案。
南洋书院于3月25日组织全体党员参加学校组织的本科生书院的学习实践科学发展观的动员大会，对全体党员进行了第一次学习实践的动员。
4月1日，南洋书院召开书院常任导师会议，会上起草并讨论形成了南洋书院深入学习实践科学发展观活动的工作要点。
4月2日，南洋书院召开党总支委员会，专题讨论了南洋书院具体该怎样开展深入学习实践科学发展观的要点和安排。会上学生委员们各抒己见，积极参与讨论，完善和落实了各项安排和方案。
4月3日，南洋书院召开全体党支部书记会议，布置和安排了南洋书院深入学习实践科学发展观的各项要求和实践过程。26个党支部书记纷纷就南洋书院以及本支部如何开展深入学习实践科学发展观活动提出了自己的意见和建议，并表示一定要把这次深入学习实践科学发展观活动做好，做到实处。
南洋书院综合了各方面的意见，并且结合了学校要求，把深入学习实践科学发展观活动分成两部分。首先，各党支部在4月19日前完成学习调研的活动，学生党员学习时间不少于20学时，过一到两次专题的组织生活。每位常任导师和党总支委员联系一个支部，指导和督促各支部完成好专题组织生活的学习和活动开展。
其次，南洋书院将开展“我为南洋献一言”活动，由书院制定讨论提纲，具体涉及书院发展的各方面，如环境建设、文化育人等等，下发各支部，进行两次主题讨论，各支部形成自己的讨论意见。对讨论有成效的党支部，书院将邀请党员代表进行书院内研讨，举办开放式论坛，邀请感兴趣的学生对南洋书院的发展建言献策。
最后，南洋书院将汇总各党支部和研讨会的意见形成南洋书院科学发展意见报告，作为南洋书院进一步科学发展的基础和指导。
